无菌车间一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌车间外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌车间和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。所以控菌能力和控菌稳定性是无菌车间的核心验收指标。业内通行的验收标准为100级洁净区平板杂菌数平均不得超过1个菌落，10000级洁净室平均不得超过3个菌落，但由于持续稳定性难以测试，所以国内净化工程企业经常出现3年翻新现象，导致性价比缩水；而国际品牌工程，由于普遍按欧美环境指标执行，很难考虑国内建筑材料适应性，所以也经常发生稳定性失常状况。在通行标准之外，国内工程还设有自身执行的长期维护、选材指标，净化能力和环境适应力远超国际品牌。
以下罗列出无菌车间在操作过程中需要注意的相关事项：
1.安全注意事项严格无菌操作，防止微生物污染；操作人员进入无菌车间应先关掉紫外灯。
2.无菌车间应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在20-24℃，湿度保持在45-60%。超净台洁净度应达到100级。
3.无菌车间应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。严防一切灭菌器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌车间应定期用适宜的消毒液灭菌清洁，以保证无菌车间的洁净度符合要求。
5.需要带入无菌车间使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法灭菌。
6.工作人员进入无菌车间前，必须用肥皂或消毒液洗手消毒，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用70%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌车间进行操作。
7.无菌车间使用前必须打开无菌车间的紫外灯辐照灭菌30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌车间，再用紫外灯辐照灭菌20分钟。
8.供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用70％的酒精棉球消毒外表面。
9.凡带有活菌的物品，须经消毒后，才能在水龙头下冲洗，严禁污染下水道。
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