万级无菌室容积小而严密，使用一段时间后，室内温度很高，故应设置通气窗。通气窗应设在内室进门处的顶棚上(即离工作台zui远的位置)，为双层结构，外层为百叶窗，内层可用抽板式窗扇。通气窗可在内室使用后、自净前开启，以流通空气。有条件可安装恒温恒湿机。无菌室内设备和用具，无菌室内的工作台，不论是什么材质、用途的，都要求表面光滑和台面水平。在内室和外室各安装一个紫外灯(多为30W)。内室的紫外线灯应安装在经常工作的座位正上方，离地面2m，外室的紫外线灯可安装在外室。
万级无菌室有足够的存储空间摆放物品以方便使用。在实验室工作区域处还有供使用的存储空间。在实验室的工作区域处应有存放个人衣物的条件。在实验室所有的建筑内配备高压蒸汽自净器，并按期检查和验证，以保证符合要求。在实验室内配备生物安全柜。设洗眼设施，必要时应有应急喷淋装置。考虑机械通风，如使用窗户自然通风，有防虫纱窗。有可靠的电力供应和应急照明。必要时，重要设备如培养箱、生物安全柜、冰箱等应设备用电源。实验室出口有在黑暗是可明确辨认的标识。
万级无菌室应有内、外两间，内间是无菌室，外间是缓冲室。房间容积不宜过大，以便于空气自净。内间面积2 ×2.5＝5m2，外间面积1 × 2＝2m2，高以2.5m以下为宜，都应有天花板。内间应当设拉门，以减少空气的波动，门应设在离工作台zui远的位置上，外间的门也用拉门，要设在距内间zui远的位置上。在分隔内间与外间的墙壁或 "隔扇 "上，应开一个小窗，作接种过程中必要的内外传递物品的通道，以减少人员进出内间的次数，降低污染程度。小窗宽60cm、高40cm、厚30cm，内外都挂对拉的窗扇。
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